Monographien:
• Wagner, A.: Sprechakte und Sprechaktanalyse im Alten Testament. Untersuchungen an der Nahtstelle zwischen Handlungsebene und Grammatik. (BZAW 253) Berlin/New York 1997.
• Wagner, A.: Prophetie als Theologie. Die so spricht Jahwe-Formeln und ihr Beitrag für das Grundverständnis alttestamentlicher Prophetie. (FRLANT 207) Göttingen 2004.
• Wagner, A.: Emotionen, Gefühle und Sprache im Alten Testament. Vier Studien. (KUSATU 7) Waltrop 2006, durchgesehene 2. Aufl. Kamen 2011.
• Wagner, A.: Beten und Bekennen. Über Psalmen. Neukirchen-Vluyn 2008.
• Wagner, A.: Gottes Körper. Zur alttestamentlichen Vorstellung der Menschengestaltigkeit Gottes. Gütersloh 2010.
Herausgegebene Bücher:
• "Jedes Ding hat seine Zeit ..." Studien zur israelitischen und altorientalischen Weisheit. Diethelm Michel zum 65. Geburtstag. Hrsg. von Anja A. Diesel, Reinhard G. Lehmann, Eckart Otto und Andreas Wagner (BZAW 241) Berlin/New York 1996.
• Diethelm Michel: Studien zur Überlieferungsgeschichte alttestamentlicher Texte. Hrsg. von Andreas Wagner, Achim Müller, Reinhard G. Lehmann, Anja Diesel, Johannes F. Diehl und Achim Behrens. (ThB 93) Gütersloh 1997.
• Studien zur hebräischen Grammatik. Hrsg. von Andreas Wagner. (OBO 156) Fribourg/Göttingen 1997.
• Sühne – Opfer – Abendmahl. Hrsg. von Andreas Wagner. Neukirchen-Vluyn 1999.
• Schnittpunkt Ugarit. Hrsg. von Manfred Kropp und Andreas Wagner. (Nordostafrikanisch/Westasiatische Studien 2) Frankfurt/M. [u. a.] 1999.
• Bote und Brief – Sprachliche Systeme der Informationsübermittlung im Spannungsfeld von Mündlichkeit und Schriftlichkeit. Hrsg. von Andreas Wagner. (Nordostafrikanisch/Westasiatische Studien 4) Frankfurt/M. [u.a.] 2003.
• Diethelm Michel: Grundlegung einer hebräischen Syntax Bd.2. Der Nominalsatz. Hrsg. von Achim Behrens, Johannes F. Diehl, Anja Diesel, Reinhard G. Lehmann, Achim Müller und Andreas Wagner. Neukirchen-Vluyn 2004.
• Gott im Wort – Gott im Bild. Bilderlosigkeit als Bedingung des Monotheismus? Hrsg. von Andreas Wagner, Volker Hörner und Günter Geisthardt. Neukirchen-Vluyn 2005, 2. Aufl. 2008.
• Primäre und sekundäre Religion als Kategorie der Religionsgeschichte des Alten Testaments. Hrsg. von Andreas Wagner. (BZAW 364) Berlin / New York 2006.
• Parallelismus membrorum. Hrsg. von Andreas Wagner. (OBO 224) Fribourg/Göttingen 2007.
• Anthropologische Aufbrüche. Alttestamentliche Menschenkonzepte und anthropologische Positionen und Methoden. Hrsg. von Andreas Wagner. (FRLANT 232) Göttingen 2009.
• Glück. Hrsg. von Andreas Wagner [u.a.]. (Berner Universitätsschriften 56) Bern [u.a.] 2011.
• Albert Schweitzer. Facetten einer Jahrhundertgestalt. Hrsg. von Andreas Wagner [u.a.]. (Berner Universitätsschriften 59) Bern 2013.
• Göttliche Körper – göttliche Gefühle. Was leisten anthropomorphe und antropopathische Götterkonzepte im Alten Orient und Alten Testament? (OBO 270) Hrsg. von Andreas Wagner. Fribourg und Göttingen 2014.
• Synthetische Körperauffassung im Hebräischen und den Sprachen der Nachbarkulturen (AOAT 416). Hrsg. von Katrin Müller und Andreas Wagner. Münster 2014.
• Anthropologie(n) des Alten Testaments. Hrsg. von Jürgen van Oorschot und Andreas Wagner. (Veröffentlichungen der Wissenschaftlichen Gesellschaft für Theologie 42) Leipzig 2015.